为加强耕地占补平衡监管，自然资源部连续3年在全国集中开展了补充耕地核查，共核查补充耕地项目近11万个，涉及耕地面积2000余万亩。
自然资源部表示，2018年，从已用于占补平衡的补充耕地项目中随机抽取6203个项目进行实地核查，发现补充耕地不实的虚假项目占10%。
2019年，自然资源督察系统随机抽取7214个2017年以来的补充耕地项目进行实地核查，涉及补充耕地面积245.1万亩，发现虚假补充耕地8.3万亩，占核查面积的3.4%。
2019年3月开始，历时一年时间，利用最新卫星遥感影像，对全国各地拟用于占补平衡的9.6万个储备耕地项目开展了全面核查，涉及耕地面积1800万亩，核查发现31.4万亩补充虚假，占核查面积的1.7%。
核查中也发现一些地方补充耕地管理不到位，没有耕种而用于种植果树茶树、林木、牧草或者挖塘养鱼等。核查中发现的这些问题，既有管理不到位、监管不力的原因，也有耕地后备资源匮乏、一些地方难以落实补充耕地甚至“无地可补”的问题。
