中华秋沙鸭对繁殖环境十分挑剔，必须同时具备两个条件，一是要有老龄树木的成熟林，这样才有可供选择的天然营巢树洞；二是溪流要清澈，同时富含石蛾、林蛙等水生动物。因此，中华秋沙鸭被学界称为生态环境指示物种，所以，保护中华秋沙鸭不仅是保护濒危动植物资源，更是在保护整个生态系统。
从每年3月中旬开始，中华秋沙鸭进入繁殖期，中华秋沙鸭不会筑巢，只能选择天然树洞当做巢穴，而树洞必须要符合中华秋沙鸭的身形，过大或过小都不行。合适的树洞犹如优质的房源，这就会导致我们上面看到的“抢房大战”。争夺过程中，个头不大的中华秋沙鸭很难处于优势地位。
现成的巢穴不好找，自己又不会筑巢，多种因素叠加，导致中华秋沙鸭的数量每况愈下。为了保护这个濒危物种，近年来，保护区为中华秋沙鸭度身定做了50多个仿真人工巢穴，收到良好的效果，这些人工巢穴基本上都住进了中华秋沙鸭。在保护区内记者看到，凡是挂上人工巢穴的树木，离地1米高处，都箍上了一圈光滑的薄铁皮，这是工作人员保护中华秋沙鸭采取的土办法。
中华秋沙鸭保护项目志愿者 史俊海：秋沙鸭有天敌，天敌有青鼬，还有松花蛇。青鼬上树的能力相当强，到顶上以后把母鸭子就给吃掉了，这一窝蛋就寡了。松花蛇上去以后它专门吃蛋，这窝蛋它要给吃了，鸭子今年也就白忙活了。包这个铁皮以后呢，青鼬往上爬树到这地方滑它就上不去了，松花蛇呢它也爬不上去了，保护的话是起到一定作用。
近年来，保护区设立了监控室和45个远程监控点，对中华秋沙鸭的栖息环境进行实时监测，在周边建设了管护围栏，杜绝人为干扰。自2019年开始，保护区还定期在中华秋沙鸭主要栖息地进行人工投食，确保其在繁殖季食物充足。
